个人简介

我在2015年通过北京生命科学研究所和北京师范大学联合项目获得博士学位。随后，我在北京生命科学研究所、卡内基研究所和杜克大学进行博士后训练。主要研究基因组中逆转座子和环状DNA的调控机制。在2024年，加入武汉大学生命科学学院和泰康生命医学中心。

教育经历

2009年，四川大学生命科学学院，学士

2015年，北京生命科学研究所/北京师范大学，博士

工作经历

2015年6月-2018年12月，北京生命科学研究所，博士后

2019年1月-2019年7月，卡内基研究所，博士后

2019年8月-2024年3月，杜克大学，研究助理

2024年5月-至今，武汉大学生命科学学院，特聘研究员

荣誉奖励

2024年，入选武汉大学泰康生命医学中心

2014年，北京生命科学研究所优秀研究生

社会服务

Nature Communications，EMBO Journal等杂志审稿人。

科研领域

基因组的动态变化在生物适应环境变化、进化以及个体发育和疾病的进程中起到关键作用。我们实验室主要关注逆转座子和染色体外环状DNA与宿主基因组的相互作用机制。逆转座子可以通过“粘贴复制”的方式在基因组中跳跃，这通常会造成宿主基因组损伤、遗传突变，导致包括动物不育、神经退行性疾病、癌症和衰老等在内的各种疾病。我们最近发现逆转座子在复制过程中大量形成环状DNA，同时环状DNA也广泛的存在于肿瘤细胞中。在肿瘤细胞中，环状DNA可以作为致癌基因拷贝数扩增的载体，促使肿瘤细胞演化以适应肿瘤微环境的变化，最终导致耐药性和临床预后恶化。我们实验室将综合运用强大的遗传模型、基因编辑技术和先进的测序技术及生物信息学方法来研究逆转座子和致癌基因来源的环状DNA的生成和维持机制，以及它们在生理和病理过程中的作用。

代表性论文

Yang, F.#, Su, W.#, Chung, O.W., Tracy, L., Wang, L., Ramsden, D.A., and Zhang, Z.Z.Z*. (2023). Retrotransposons hijack alt-EJ for DNA replication and eccDNA biogenesis. Nature 620, 218-225. 10.1038/s41586-023-06327-7.

Yang, F.*, Quan, Z., Huang, H., He, M., Liu, X., Cai, T., and Xi, R*. (2019). Ovaries absent links dLsd1 to HP1a for local H3K4 demethylation required for heterochromatic gene silencing. Elife 8. 10.7554/eLife.40806.

Guo, X.#, Yin, C.#, Yang, F.#, Zhang, Y.#, Huang, H., Wang, J., Deng, B., Cai, T., Rao, Y., and Xi, R*. (2019). The Cellular Diversity and Transcription Factor Code of Drosophila Enteroendocrine Cells. Cell Rep 29, 4172-4185 e4175. 10.1016/j.celrep.2019.11.048.

Huang, C.#, Yang, F.#, Zhang, Z.#, Zhang, J., Cai, G., Li, L., Zheng, Y., Chen, S., Xi, R.*, and Zhu, B.* (2017). Mrg15 stimulates Ash1 H3K36 methyltransferase activity and facilitates Ash1 Trithorax group protein function in Drosophila. Nat Commun 8, 1649. 10.1038/s41467-017-01897-3.

Yang, F., and Xi, R. (2017). Silencing transposable elements in the Drosophila germline. Cell Mol Life Sci 74, 435-448. 10.1007/s00018-016-2353-4.

Li, X.#, Yang, F.#, Chen, H., Deng, B., Li, X., and Xi, R*. (2016). Control of germline stem cell differentiation by Polycomb and Trithorax group genes in the niche microenvironment. Development 143, 3449-3458. 10.1242/dev.137638.

Yang, F., Zhao, R., Fang, X., Huang, H., Xuan, Y., Ma, Y., Chen, H., Cai, T., Qi, Y., and Xi, R*. (2015). The RNA surveillance complex Pelo-Hbs1 is required for transposon silencing in the Drosophila germline. EMBO Rep 16, 965-974. 10.15252/embr.201540084.

Wang, L.8, Tracy, L., Su, W., Yang, F., Silverman, N., and Zhang, Z.* (2022). Retrotransposon activation during Drosophila metamorphosis conditions adult antiviral responses. Nature Genetics. 10.1038/s41588-022-01214-9.

Shi, J., Jin, Z., Yu, Y., Zhang, Y., Yang, F., Huang, H., Cai, T., and Xi, R.* (2021). A Progressive Somatic Cell Niche Regulates Germline Cyst Differentiation in the Drosophila Ovary. Curr Biol 31, 840-852 e845. 10.1016/j.cub.2020.11.053.

Li, Z., Guo, X., Huang, H., Wang, C., Yang, F., Zhang, Y., Wang, J., Han, L., Jin, Z., Cai, T., and Xi, R*. (2020). A Switch in Tissue Stem Cell Identity Causes Neuroendocrine Tumors in Drosophila Gut. Cell Rep 33, 108459. 10.1016/j.celrep.2020.108459.

Li, Z., Yang, F., Xuan, Y., Xi, R., and Zhao, R*. (2019). Pelota-interacting G protein Hbs1 is required for spermatogenesis in Drosophila. Sci Rep 9, 3226. 10.1038/s41598-019-39530-6.

Liu, X., Wei, W., Li, X., Shen, P., Ju, D., Wang, Z., Zhang, R., Yang, F., Chen, C., Cao, K., et al. (2017). BMI1 and MEL18 Promote Colitis-Associated Cancer in Mice via REG3B and STAT3. Gastroenterology 153, 1607-1620. 10.1053/j.gastro.2017.07.044.

Wang, C., Zhao, R., Huang, P., Yang, F., Quan, Z., Xu, N., and Xi, R.* (2013). APC loss-induced intestinal tumorigenesis in Drosophila: Roles of Ras in Wnt signaling activation and tumor progression. Dev Biol 378, 122-140. 10.1016/j.ydbio.2013.03.020.

实验室简介

课题组热忱欢迎感兴趣的学生，招聘细胞生物学、肿瘤生物学、生物信息学背景博士后和若干科研助理。